The X-Files

Som Doggetts efterforskning af vicedirektør Kersh støder ind i problemer, møder agenterne en smuk kvinde med evnen til at overleve under vandet.

Doggett forsøger at finde sandheden om en kvinde med overnaturlige kræfter, som er forbundet til de videnskabelige eksperimenter, som foretages på et skib fra 2. Verdenskrig.

Bevismateriale til mordet på et ægtepar tyder på, at et satanisk ritual har fundet sted, og to flygtninge fra et sindssygehospital bliver mistænkte; Scully begynder at undervise i retsmedicinsk patologi på FBI-akademiet.

Reyes tror, at en morder, som alvorligt sårede Doggett, muligvis stammer fra en parallel dimension.

En teenagers kranium går i stykker, efter han udfører et dumt stunt. Årsagen viser sig at være… fluer, som lader til at have ædt ham… indefra.

Scully bliver venner med et par, som mener, at deres nyfødte barn besidder samme overnaturlige kvaliteter som William, og en lyssky person overtaler Scully om at kontakte Mulder og lokke ham ud i verden igen.

Fragmenter fra fortiden hjemsøger Doggett, som han søger at genfinde sin identitet i Mexico og bliver ven med en lokal rumvæsen-smugler.

Reyes fornemmer, at hun spillede en rolle i en række grufulde mord, der blev begået for over hundrede år siden - hvori alle ofrene blev flået levende.

Rumskibet, som Scully engang efterforskede i Afrika, er med i denne dobbelt-episode, som begynder med et dødsfald under en ulovlig grænseovergang i Idaho.

Som Scully desperat leder efter sin søn, forbereder religiøse sektmedlemmer sig på at besøge et rumskib, som de mener rummer en fysisk manifestation af Gud.

Som agent Reyes kommer til skade i et biluheld, finder hun sig fanget i en underverden mellem livet og døden - hendes liv er nu i hænderne på en hospitalsmedarbejder, som kan vandre mellem verdenerne.

Som DNA-beviser frikender en morder, som Doggett hjalp med at spærre ind 13 år tidligere, forsøger Doggett desperat at spærre manden inde, før han slår til igen.

Som Reyes anvender numerologi til at forbinde mordene på adskillige kvinder, tages hun og Scully til fange af en mystisk dam-spillende mand, som muligvis er morderen.

En lille dreng er omdrejningspunktet i en sag, der involverer sære væsner, som lader til at søge tilflugt i menneskekroppe.

Da The Lone Gunmen hjælper Reyes og Doggett med en sag, der involverer Morris Fletcher og en supersoldat, ender de på en mission for at finde Yves Adele Harlow.

Agenterne tilbageholder en mand med grufulde ar, som blev taget i indbrud i X-Files-kontoret, og forsøger at fastslå hans sande identitet… Doggett mener, at manden er Fox Mulder.

En FBI-kadet med et mystisk instinkt for at opklare forbrydelser finder ny information i den uopklarede sag om mordet på Doggetts søn.

Agenterne forsøger at finde sammenhænge, som en række sære dødsfald forbindes til en mand, der bor i et hus, der er præcis replika af huset fra TV-serien "The Brady Bunch" - inklusive selve Brady-familien.

Mulder beskyldes for at have myrdet Knowle Rohrer, og militæret bringer ham for retten. En række vidner bakker her op om Mulders påstand om en regeringsstyret konspiration og eksistensen af liv i rummet. Med hjælp fra sine venner, flygter Mulder fra sin celle og tager på en rejse for at finde manden, som kan opklare sandheden om regeringens konspiration.

Som Mulder forsøger at opnå uautoriseret adgang til Mount Weaver militærbase, kommer han op og slås med en supersoldat, som dør i kampen. Mulder bliver taget til fange, anklaget for mord foran en militærdomstol og dømt til døden ved forgiftning. Men Skinner, Doggett og Reyes hjælper ham flygte og råder ham til omgående at forlade USA sammen med Scully. Mulder ønsker ikke at opgive jagt