1995'te, aşırı disiplinli olan hayatından kaçmak isteyen Kiryu ve arkadaşları civardaki bir atari salonunu soyma planı yapar. Ancak bu salon Kamurocho'yu hakimiyeti altında tutan güçlü Yakuza örgütü Doujima Klanı tarafından yönetilmektedir. 2005'te ise tahliyesi yaklaşan Kiryu, Dedektif Date'den arkadaşlarının tehlikede olduğunu öğrenince onları korumak için Kamurocho'ya geri dönmeye karar verir.

1995. Ayçiçeği Yetimhanesi'ni yöneten Kazama, Kiryu ve diğerlerinin düzgün bir hayat sürmesini istemiştir, ancak dörtlü yine de kendini Yakuza dünyasının içinde bulur. 2005'te ise 10 milyar yenlik bir soygundan ötürü Omi İttifakı ile Tojo Klanı arasında ipler iyice gerilir.

1995. Doujima Klanı, Edgar'ın arsanın satılması için gereken resmî mührü emanet ettiği kız kardeşinin peşindedir. Bu arada Yumi uzun zamandır görüşmediği ablasını bulmak için Osaka'ya gider. Edgar'ın mührü için yapılan savaş ise şiddetlenmektedir. 2005'te ise Aiko kızı Haruka'yı ardında bırakarak kaybolur. Kiryu ile Yumi, Haruka'yı korumaya karar verir ama çok geçmeden bir keşifte bulunur.

1995'te aşırı çalışan Miho ciddi bir hastalığa yakalanır. Kardeşi için çok endişelenen Nishiki, Doujima'dan yardım ister ama klan onun bu zaafını istismar eder. 2005'te ise Kiryu'yla Yumi, Osaka'da Aiko'yu aramaya devam ederken Omi İttifakı başkanı Goda'yla görüşürler ve Goda, onlar zorla 10 milyon yeni ertesi gün gece yarısına kadar iade etme sözü verdirir.

2005'te Kazama, Tojo Klanı'yla savaş çıkmasını önlemek için Omi İttifakı başkanı Goda'yla görüşür. 10 yıl önce Kiryu ve Nishiki arasında çıkan çözülmemiş anlaşmazlık yeniden baş göstererek ikilinin arasını açar. 1995'te ise Miho'nun ameliyat parasını çıkarmak için yaptığı yeraltı dövüşlerinde art arda galibiyet elde eden Kiryu sonunda riskli bir unvan dövüşüne katılır.

1995. Birbirlerini aile gibi sevip kollayan Kiryu, Nishiki, Yumi ve Miho arasındaki bağ trajik bir biçimde kopar. 2005. Kiryu, Tojo Klanı'yla Omi İttifakı arasındaki savaşı önleyebilecek midir? Kiryu ve Nishiki, 10 yıl önce aralarında çıkan anlaşmazlığı nasıl çözecektir? Shinjuku Şeytanı gerçekte kimdir? Artan gerilimle birlikte Kamurocho'da son bir savaşla yüzleşirler.