Tokyo, due anni dopo l'attacco all'Anteiku. L’atmosfera nella città sembra cambiata, ma qualcosa all’ombra dei grattacieli continua silenziosamente a muoversi: sono i ghoul, esseri che per sopravvivere devono cibarsi di carne umana. La CCG decide di creare un team speciale, la Squadra Quinx, composta da essere umani ai quali è stata impiantata una kagune all’interno del corpo.