Après avoir été exposées à du mutagène extraterrestre, quatre jeunes tortues, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo, sont adoptées par un humain (Hamato Yoshi), mutant lui aussi, transformé en rat et surnommé Splinter. Ce dernier les élève comme ses propres enfants et leur enseigne les arts martiaux (Ninjutsu).
