Bakumatsu

Un mes después de haber acabado con Mugensai y haber destruido el cronómetro, Takasugi y Katsura regresan a Kioto solo para descubrir que el cronómetro sigue intacto misteriosamente y que un tal Mugensai II ha tomado el control de todo. ¿Cómo destruir por completo el cronómetro? ¿Quién es el nuevo Mugensai?

Unos avistamientos de unas misteriosas luces fantasma ponen a todos los protagonistas en alerta, pues bien podrían tener relación con el cronómetro.

Buscando historias paranormales que puedan tener relación con el Cronómetro, los protagonistas acaban visitando un lugar donde se dice que un fantasma asesina aldeanos... y siendo un fantasma, acaba yendo Katsura ¿a solas?

Soji viaja en el tiempo con el cronómetro y acaba en el Shinsengumi de otro mundo.

Las jovenes ninjas del emperador se encaprichan con unos konpeito y el emperador sale solo a comprarlos, así que ellas lo siguen en secreto para protegerlo.

De repente toda la ciudad se para y solo unos pocos elegidos pueden moverse. ¿Qué ha sucedido? ¿Es cosa del cronómetro? En cualquier caso, es una buena oportunidad para investigar a cierta persona...

Seimei viaja con Takasugi, solo en espíritu, a través del tiempo para descubrirle cuál fue el origen del cronómetro y algunos secretos sobre su relación con cierta persona.

Yoshinobu quiere alcanzar un mundo de verdadera paz, pero para eso deberá convencer a Mugensai mediante Kondo. Por otro lado, Sakamoto usa el cronómetro a voluntad ahora que está en su poder.

Kondo ha descubierto que Mugensai es en realidad Toshi y decide hablar con él, pero el cronómetro ha poseído a su viejo amigo.

El conflicto entre Katsura y Takasugi afecta en su incursión, así que Katsura finalmente revela a Takasugi su misterioso secreto. Mientras, en el castillo, encontrarán aliados inesperados para acabar con Mugensai.

El castillo Susanoo se ha teletransportado en el tiempo con todos en su interior, pero para desgracia de todos, todavía queda derrotar a Mugensai.

El enfrentamiento final contra Susanoo sigue en proceso y parece que hay una forma de acabar con la energía negativa del cronómetro, pero ¿a qué precio?