Emily verbringt die letzten Tage ihrer Suspension während sie mit den Konsequenzen ihrer Taten der letzten zwei Staffeln fertig werden muss. Überwachsam und misstrauisch, sieht sie überall Gefahren und nimmt jeden genau unter die Lupe.

Nach den tödlichen Ereignissen läuft Emily die Zeit davon Nick zu finden und zu retten. Sein Informant Kai hilft ihr dabei. Nachdem sie ihn aufgespürt haben entdeckt Emily, dass eine deutlich größere Verschwörung im Gange ist und muss der Möglichkeit ins Auge sehen, dass Nick tot sein könnte.

Desorientiert und unter Betäubung gestellt, wacht Nick paralysiert an einem dunklen und engen Ort auf. Währendessen schließt Emily einen Deal ab, um Nick zurück zu bekommen, da sie Nicks Tod noch nicht akzeptieren will, doch sie findet lediglich heraus, dass Dawkins eine Falle gestellt hat und alle in Gefahr sind.

Emilys Forderung an das FBI, Nick nachzugehen trifft auf Widerstand, was sie zu einem riskanten Plan bringt, der sie in direkten Kontakt stellt mit dem Mann, der sie zu Nick führen kann. Währendessen irgendwo in Europa wird Nick unter Drogen gestellt und psychologisch gefoltert, was ihn dazu bringt sein Schuldgefühl zu offenbaren und damit seine Unsicherheit als FBI Agent, Ehemann und Vater.

Emily fügt sich Dawkins Wunsch, um zu Nick geführt zu werden und plant währendessen eine geschickte List. Als Nicks Schuldgefühle und Paranoia ihn drohen zu erdrücken, schafft er es sie zu überwältigen.

Nick wird weiterhin gefoltert, aber findet eine Chance seinen Kidnappern zu entkommen. Cal und Emily machen sich auf den Weg Nick zu retten und nähern sich währendessen an. Als sie den mysteriösen Ort erreichen, finden sie Beweise, die zu Nicks Fall in Boston hinweisen, aber es gibt keine Spur von Nick.

Emily unternimmt einen letzten Versuch, die gestohlenen Akten gegen Nick einzuhandeln, und verlangt Beweise dafür, dass er noch am Leben ist. Sie weiß nicht, dass Nick seinen Entführern in einer abenteuerlichen Verfolgungsjagd entkommen ist. Nick nimmt Kontakt zum FBI auf und Emily trifft die mutige Entscheidung, Cal mit seiner Vergangenheit zu konfrontieren.

Emily und Nick schmieden einen Plan, um das Flüchtlingslager zu infiltrieren, und Cal gibt sich als Meridian-Wächter aus, um Armstrong zu finden und vor Gericht zu bringen. Unterdessen kommen Crown und Gunnarsen Meridians Maulwurf näher und ein unerwarteter Besucher erreicht die Farm.

Nick arbeitet daran die Flüchtlinge zu befreien und Cal konfrontiert endlich Armstrong. Als Gunnarsen und Crown sich auf den Weg machen Deputy Director Webb festzunehmen, entdecken sie etwas tödliches. Währendessen versucht Emily Elliots Unterfangen aufzudecken und setzt alles daran ihre Familie zu beschützen.

Emily und Nick sind endlich wieder in Boston zusammen mit Flynn vereint, aber die Bedrohung durch Elliots Biowaffe ist immernoch akut. Emily zieht drastische Maßnahmen und trifft eine gefährliche Entscheidung, um die Sicherheit ihrer Familie zu gewährleisten.