Le Tartarughe Ninja sono impegnate a combattere la gang del malvagio Shredder. Egli, dopo aver rubato l'ultimo contenitore della sostanza radioattiva che aveva provocato la mutazione delle tartarughe, ha rapito lo scienziato Perry per obbligarlo a trasformare due innocui animali in terribili mostri per sconfiggere le Tartarughe che dovranno, ancora una volta, combattere contro il male.
