In un piccolo villaggio del Giappone immerso nel verde, la giovane Asuna sente una misteriosa melodia che le si fissa nella mente per non abbandonarla più. Un giorno, lungo la strada che porta al suo nascondiglio tra le colline, viene attaccata da una strana bestia. Sarà questo l'inizio di una serie di misteriosi incontri e di un incredibile viaggio verso un mondo fantastico chiamato Agartha.