沉默的艦隊

海上自衛隊潛艦山波號撞上美軍核動力潛艦，外界盛傳船上76名船員連同艦長海江田四郎全數罹難。海上自衛隊另一艘柴電潛艦立波號的深町洋艦長覺得這起事故並不單純，他決定分析撞擊的音頻資料。

海江田劫持了超先進的核動力潛艦海蝙蝠號。美軍派出第七艦隊追捕海蝙蝠號，要是海江田不屈服便打算將該潛艦全體船員視為恐怖分子並將潛艦擊沉。海江田無視美軍威嚇，令海蝙蝠號在第七艦隊前浮出水面，後來還做出了驚人的宣言。

在海江田發表驚人的宣言後，深町的柴電潛艦立波號抵達了戰事一觸即發的海域。為了阻止海江田擴大事端，深町登上了海蝙蝠號。

海江田與美軍開戰，三艘第七艦隊的核動力潛艦逼近海蝙蝠號。日本內閣官房長官海原涉得統合日本政府內部意見，以便與美國貝奈特總統展開兩國高峰會。

日美展開兩國高峰會，但兩國均不願讓步。同時間，由沼田群司令領軍的海上自衛隊第二護衛隊奉命保護海蝙蝠號。美軍第三艦隊對日方的第二護衛隊發射反潛火箭。

在與美軍第三艦隊交戰後，海江田抵達東京灣，準備與日本政府商談結盟。日本政府舉行記者會，向民眾公開這一連串事件的起源，最高機密的「海蝙蝠計畫」。

海江田在會議中現身。日本政府與獨立國大和結盟的過程以全程直播的方式呈現在世人眼前。會談結束後，美國貝奈特總統直接宣布大和為恐怖組織，令美軍將其摧毀。

正在檢修大和潛艦的海上自衛隊浮動船塢南十字星號，在美軍的轟炸下逐漸下沉。大和必須趕在南十字星號徹底沉沒之前離開船塢。立波號為了掩護大和，也面臨被美軍擊沉的危機。