Bumi rusak akibat Benturan Kedua, Malaikat Keempat menyerang Tokyo III dan nasib manusia ada di tangan Badan Khusus Pemerintah NERV. Shinji Ikari terpaksa menerbangkan EVA-01. Dengan pilot EVA-00, Rei Ayanami, dia harus bertarung, tapi EVA-01 dirusak Malaikat Keenam. Misato Katsuragi mengatur rencana untuk memfokuskan keseluruhan listrik Jepang pada meriam positron untuk mengalahkan Malaikat ini.
