Nella seconda stagione Giovanna inizia una nuova storia d'amore con l'ispettore Walter Manrico mentre Carmine Tonnara, il figlio di Don Vito, muore in carcere. La famiglia Tonnara, dopo il Maxi Processo, è stata smantellata. L'unico ancora a piede libero è proprio il capo della mafia, Vito Tonnara che, accecato dalla vendetta, cerca in tutti i modi di eliminare il commissario Scalise.
