El tratamiento propuesto por Shaun para un paciente sin hogar lo pone a él y a Jared en la mira de Andrews. Claire intenta vencer la reticencia de Melendez a realizar una arriesgada operación cardíaca. Glassman enfrenta una difícil decisión sobre su salud.

Mientras Shaun se rebela contra Melendez para tratar a un conserje del hospital gravemente enfermo, Lim se arriesga a enfrentar una demanda por reparar la circuncisión ritual de una adolescente. Glassman ejerce una exigente supervisión al elegir un médico para su cirugía cerebral.

Mientras se enfrenta a Andrews por el agotador horario de los residentes, Claire acompaña a Melendez en el tratamiento de un paciente con infertilidad. Shaun promete quedarse con Glassman mientras se recupera de la cirugía cerebral.

Shaun recuerda su propio pasado para ayudar a un adolescente con discapacidad intelectual a enfrentar la separación de su madre. Mientras Claire debe lidiar con una escaladora adolescente lesionada y sus angustiados padres, las alucinaciones postoperatorias de Glassman lo obligan a enfrentar una tragedia personal.

Una paciente les pide a Shaun y Park guardar en secreto una cirugía de pérdida de peso que se practicó previamente. Claire y Melendez discuten sobre cómo tratar a una mujer anoréxica que necesita una cirugía de corazón.

Shaun y Morgan discuten sobre cuan seria es la infección en el dedo de un violinista. Claire hace amistad con una paciente adolescente cuyos padres temen que ella sufra de estrés por su divorcio.

Claire intenta ayudar a un compañero de la universidad con una enfermedad terminal cuando la sorprende una particular petición. Shaun y Morgan negocian los términos de un trasplante de órganos entre dos hermanos testarudos.

El paciente del Dr. Shaun Murphy, el Dr. Audrey Lim y el Dr. Claire Brown tiene que revelarle un secreto a su marido después de que su tratamiento provocó una complicación. Mientras, el Dr. Neil Melendez, el Dr. Morgan Reznick y el Dr. Alex Park enfrentan a los padres de un paciente que no creen en las vacunas.

Los doctores Neil Melendez, Morgan Reznick y Claire Brown lidian con el deseo de un paciente que busca realizar una operación que lo mantendrá alejado de sus impulsos pedofílicos; y el doctor Shaun Murphy aprende una lección sobre empatía.

El doctor Shaun Murphy y el doctor Alex Park atienden a dos pacientes que colapsaron en un aeropuerto local y cuyos síntomas apuntan a una infección potencialmente aeróbica. El personal se apresura a contener la infección antes de que se propague al resto de los pacientes en urgencias, trayendo como consecuencia una cuarentena hospitalaria durante las fiestas.

En el retorno de mitad de temporada, el hospital sigue en cuarentena mientras el doctor Shaun Murphy continua abrumado por el caos y el ruido de la sala de emergencias; la doctora Morgan Reznick lucha por mantener a sus los pacientes con vida y la doctora Audrey Lim lucha por la suya. Mientras tanto, el doctor Neil Melendez y la doctora Claire Browne deben encontrar la forma de completar el tra...

Tras la cuarentena, el personal del Hospital San Jose St. Bonaventure busca regresar a su rutina común mientras el Departamento de Salud Pública decide que necesitan revisar lo sucedido para retornar la confianza pública. Mientras tanto, la doctora Audrey Lim se recupera del virus, y tanto ella como el doctor Neil Melendez revisan al nuevo personal y su relación laboral; a su vez, el doctor Sha...

Mientras atienden a una paciente quirúrgica con autismo, Shaun y Morgan se ven intrigados por la “relación” que esta tiene con su compañero de cuarto. Melendez, Claire y Park luchan para salvar a una mujer con un corazón artificial, lo cual requiere tanto ingeniería como experiencia médica.

El doctor Andrews trata de convencer a una familia en luto de donar el rostro de su hija adolescente a otra jovencita cuya cara fue horriblemente desfigurada en un accidente.

La excesiva honestidad de Shaun con la madre desconsolada de un recién nacido en estado crítico, causa que el nuevo jefe de cirugía se questione el mantenerlo como residente.

El Dr. Jackson Han, como nuevo jefe de cirugía, considera que el Dr. Shaun Murphy representa un riesgo más que un beneficio para el hospital, e intenta removerlo del quirófano permanentemente.

El Dr. Shaun Murphy desea unirse al equipo para realizar una peligrosa extracción de un tumor cerebral a un paciente. Sin embargo, el Dr. Jackson Han lo saca del equipo de cirugía. Shaun debe usar su talento para ayudar a descifrar la causa de las heridas de un menor.

Mientras que una pelea en el bar manda a Shaun a buscar tratamiento en St. Bonaventure, Park y Lim tienen un desacuerdo con respecto a los síntomas posoperatorios de una señora mayor. Melendez y Lim hacen público su romance, y Glassman sigue tratando de establecer una relación con una buena amiga.