Una noche, mientras Nate duerme, su Yo-Kai Watch se ilumina y desaparece de su muñeca. Y por si fuera poco, aparece un Yo-Kai gato gigante llamado Dekanyan y le pide ayuda para salvar a sus amigos porque si no lo hace "ellos" se apoderarán del mundo. Así pues, Nate viaja al pueblo de Kemamoto, donde vive su abuela, en busca de pistas que le ayuden a aclarar la situación.
