En la quinta temporada de The Last Ship, el mundo se está recuperando del mortal virus que diezmó a la población, pero el malestar político permanece. Tom Chandler se ha retirado y su antigua tripulación se ha dispersado, muchos ascendiendo en la Marina. Sasha, Danny, Wolf y Azima están en una misión encubierta en Panamá cuando son acusados erróneamente de un ataque.
