Colter è costretto a rivivere gli ultimi minuti del passeggero di un treno che esploderà. A sua insaputa è impegnato in una missione per scoprire il colpevole di un attentato che ha fatto migliaia di vittime. Colter è dentro il programma Source Code che gli permette di andare indietro nel tempo, per evitare il disastro. Ha solo pochi minuti per raccogliere prove.