스페이스 콜로니에 사는 여고생 아마테는 우연히 운반책 소녀 냐안을 만나 불법 고물상과 얽히게 된다. 정체불명의 모빌슈트 ‘붉은 건담’을 포획하려는 군경찰의 횡포를 참을 수 없었던 아마테는, 눈앞에 놓인 최신형 모빌슈트 GQuuuuuuX에 올라탄다.

일년 전쟁이 한창이던 중, 지온 공국군의 에이스 파일럿인 샤아는 지구 연방군의 최신형 모빌슈트 "건담"을 사이드 7에서 노획한다. 그 결과, 전세는 크게 움직여, 일년 전쟁을 지온의 승리로 이끌어간다. 하지만 종전 직전, 건담과 샤아는…

아마테는 불법 모빌슈트 결투 경기인 "클랜 배틀"에 반강제로 끌려가게 된다. 그런 불안한 상황 속에서 붉은 건담을 조종하던 소년, 슈우지를 만난 아마테는, 마브를 결성해 둘이서 클랜 배틀에 참여할 것을 제안한다. "마츄"라는 참가명을 내건 아마테는, 다시 한번 GQuuuuuuX를 타고 우주를 향해 날아간다.

1년 전쟁에서 100대 이상을 격추시키면서 마녀라는 별명이 붙은 슈퍼 유니캄이 붉은 건담과의 인연에 종지부를 찍기 위해 클랜 배틀에 참가한다. 남편과 자식을 버리면서까지 모빌슈트전에 집착하는 마녀를 보며 마츄는 인간의 업(業)을 느낀다.

마츄는 클랜 배틀에서 탄 상금으로 슈우지, 냐안과 함께 지구에 갈 계획을 세운다. 그런데 클랜 배틀 당일, 마츄가 엑자베 눈에 띄면서 발이 묶이게 된다. 클랜 배틀에 가지 못하면 지구 여행은 물거품이 되는 상황, 냐안은…

안키가 슈우지의 은신처를 찾아낸다. 게다가 붉은 건담의 정보는 클랜 배틀의 상금보다 더 많은 금액이다. 마츄는 안키가 클랜 배틀이 열리는 동안 그 정보를 팔아넘기려는 계획을 꾸미고 있다는 사실을 알게 된다. 한편, 키시리아의 극비 정보를 입수한 지구연방군 정보부는…

안키의 계획을 알게 된 마츄는 냐안과 함께 슈우지를 도주시키기 위해 클랜 배틀을 이용한 계획을 세운다. 그런데 클랜 배틀의 상대가 키시리아를 암살하려는 테러리스트, 신형 모빌아머였다.

1년 전쟁 말기, 지구연방군의 솔로몬 요새 함락 작전을 저지하고자 샤아가 이끄는 소돈 함대가 출격한다. 월면 도시 그라나다를 지키기 위해서. 그로부터 5년 뒤, 그라나다. 냐안은 키시리아와 함께 그곳에 있었다.

의문의 메시지에 이끌린 마츄는 소돈을 탈출해 지쿠악스를 타고 지구로 내려온다. 불시착한 마츄를 구해준 것은 카바스 저택에 갇힌 '언니'라고 불리는 여성이었다. 마츄는 그녀를 데리고 코어 파이터로 탈출을 시도한다.

요마간토의 파괴 활동을 막기 위해 마츄는 샤리아 블의 의뢰를 받아 '장미의 소녀'를 구출하려 한다. 하지만 키시리아의 지시를 받은 냐안의 지프레드가 한발 앞서 제크노바포를 가동하려 한다. 표적은 전 지구 인류.

장미의 소녀를 구하려는 마츄의 지쿠악스는 냐안의 지프레드에 맞서 싸운다. 그리고 슈우지의 인도를 받은 마츄는 혼자서 요마간토의 깊은 곳으로 들어간다. 그곳에서 마츄는 샤아와 키시리아를 마주친다.

최종 국면. 저쪽에서 나타난 하얀 모빌슈트가 라라아를 죽이려 한다. 그 하얀 악마를 조종하고 있는 건 다름 아닌 슈우지였다.마츄는 라라아를 지키기 위해 냐안과 마브가 되어 슈우지에 맞서 싸우기로 결심한다.