FBI：特別捜査班

船上パーティーから帰る途中で女性が殺される。そのパーティーは富裕層が参加しており、捜査チームは女性の身元とパーティーに行った経緯を捜査する。

マギーとOAと捜査チームが捜査するのは、数々のニューヨークの病院でハッカーにより医療機器が機能停止になった事件。そこへ入院患者が最近死亡した精神科病院を徹底捜査しろという要求が来る。

捜査チームは政府機関への爆破事件と、ニューヨークにある退役軍人の会員制クラブのつながりを見つける。イゾベルは、OAの陸軍時代の仲間クリス（クリーヴランド・ベルト）がクラブの会員であることから、クリスを内偵させるよう指示する。

捜査チームはホームレスの若者を狙う連続殺人犯を追う。またティファニーとスコーラは、事件への対処方法や相棒と同僚の違いで意見が一致しない。

捜査チームは、同じ管轄の刑事が銃殺されニューヨーク市警の緊張が高まる中、銃撃犯を追う。またティファニーは自身に染み付いたニューヨーク市警の感覚が、事件の見方に影響していると気が付く。

郊外に住む女性が自宅から誘拐され、捜査チームは幸せそうに見える結婚生活の表裏を調査する。またOAは、モナから昇進の道を考えるよう勧められプレッシャーを感じる。

託児所から女児が誘拐された。捜査チームは、近隣に住むギャングに債務を負っている両親を助ける。一方マギーは、リハビリ施設から戻ってきた妹のエリンから目が離せなくなってしまう。

9.11で未亡人になったハンナ・トンプソン（ジャネル・モロニー）に新しくできた恋人は、テロ攻撃を計画しているリーダー的人物。捜査チームは手がかりとなる情報をハンナから得ようとする。

出勤のためジュバルと自宅を出たリナが襲撃される。捜査チームは、復讐心に燃えるヴァルガスが獄中から銃撃を画策し、まだチームの家族や愛する人たちを狙っていることを知り驚愕する。

２人の命が奪われた一連の宝飾店強盗を捜査するチームは、里親の元で生き抜こうとしている16歳の青年との関連を見いだす。

マギーは反政府グループが定期的に集まるバーに潜入捜査をする。そのグループのメンバーは連続爆破事件の容疑がかかっている。

休暇から戻ったばかりのカップルがニューヨーク市内の公園で殺された。捜査チームは麻薬取引との関連を捜査する。