ミラーとホールデンとロシナンテ号の乗組員は、エロスからの間一髪の脱出の事後処理にあたる。地球と火星との“キューバ危機”で緊張が高まる中、火星海兵隊下士官のボビー･ドレーパーと彼女の小隊が登場する。

フレッド･ジョンソンとＯＰＡの戦士の協力を受け、ミラーとホールデンとロシナンテ号の乗組員は謎めいたプロト分子の情報を求めて急襲を決行する。地球ではアヴァサララがフレッド･ジョンソンに関する重要な真実を知る。

ティコ･ステーションに戻ったホールデンとミラーは急襲の方法が正しかったかをめぐり対立する。ナオミとアレックスはその後のトラウマにそれぞれ異なる方法で対処する。ホールデンとエイモスは無慈悲な科学者を尋問する。アヴァサララは敵に接触して予想外の同盟を結ぶ。

ミラーはエロスに残るプロト分子を全滅させるため、モルモン教徒の巨大船ノーブー号を盗むことを含めた、いちかばちかの危険な計画を立て、ホールデン、ロシナンテ号のクルー、フレッドは渋々同意する。一方、アヴァサララはプロト分子研究の背後にいる人物を突き止める。

ロシナンテ号は今や地球に向けて突進する小惑星（エロス）を時間との闘いのなかで追いかける。地球が最悪の事態に備えるなか、アヴァサララはホールデンがまだ生きていること、そしてロシナンテ号が地球に大惨事を回避させる唯一の希望であることを知って驚く。

地球と火星は小惑星衝突の影響について調査を開始し、アヴァサララはジュール=ピエール･マオに戦いを仕掛ける。ロシナンテ号のクルーはプロト分子を全滅させるための探求を続ける。ナオミはホールデンとの意見の食い違いから、自ら独断で行動を起こすことにする。ドレーパー率いる火星の部隊はパトロールのためガニメデに到着し予想外の事態に直面する。

地球と火星の平和会議が行われることになり、アーリンライトの緊張は高まる。ガニメデが攻撃された時に現場にいたドレーパーからの聞き取りによって、さらなる謎が明るみに出る。アンダーソン･ドーズはティコに押し寄せる難民を自分の目的のために利用し、フレッド･ジョンソンとホールデンの危うい協力関係を崩そうとする。

ナオミは太陽系の思わぬ所からプロト分子の信号が発信されているのを突き止める。ＯＰＡ内部でのフレッド･ジョンソンの求心力が揺らぎ始める一方、ガニメデからの難民で、心に傷を負った男が現れる。その男は新たな脅威を見いだす鍵となるかもしれなかった。

プロト分子とその背後にいる人々を探るホールデン。交戦地帯へ侵入するために彼は自らの信条を曲げる。一方、ドレーパーは地球と火星の間の政治闘争の駒とされてしまうが、アヴァサララは人類の敵を暴くことが、地球と火星、双方のためになると認識していた。

ホールデンは、攻撃で荒れ果て壊滅状態となったガニメデのステーションをクルーと共に進む。アーリンライトとアヴァサララは対立し、その対立が彼らの関係を永遠に変えてしまう。地球の一面を知ったドレーパーは、本当の敵が誰なのか自信が持てなくなる。

ロシナンテ号のクルーは驚くべき発見をし、得体の知れない何かを解き放ってしまう。ドレーパーは自らの未来を変え、過去を改める決断をする。一方、アヴァサララは遂に謎多きジュール＝ピエール･マオと接触を果たす。

秘密のラボでの発見によってナオミとホールデンは離ればなれになり、ロシナンテ号のクルーも互いに衝突することになる。一方、人類の運命が予断を許さぬ状況の中、アヴァサララとドレーパーは危険な会合に臨むが、その会合は誰もが予期せぬ形で終わりを迎える。

ロシナンテ号が何とか脱出して安心したのもつかの間、思わぬ敵が現れ、クルーは船を守るために戦うことになる。アヴァサララは敵の手に落ちてしまい、ドレーパーに自らの命を託す。