Sulla scia di una disastrosa missione oltreoceano, il comandante dei Navy SEAL James Reece torna a casa con ricordi contrastanti dell'operazione e dubbi sulla propria colpevolezza.

Reece individua il suo primo potenziale bersaglio, con l'aiuto di Ben, ma la sua salute mentale è precaria. Katie e Reece stringono una collaborazione non facile, ma reciprocamente vantaggiosa per trovare delle risposte.

Reece indaga sempre più a fondo in una complessa cospirazione e aggiunge un nuovo nome alla sua lista. Nel frattempo, il Segretario alla Difesa Lorraine Hartley annuncia un drastico cambiamento della politica per aiutare gli operativi speciali. E Katie scopre la verità su quello che sta succedendo nella testa di Reece.

Con l'aiuto dei suoi amici più cari, Reece si reca in Messico per localizzare l'uomo che ha ucciso la sua famiglia. Katie continua la sua ricerca da una località remota. Steve Horn prende provvedimenti per preservare gli accordi di Capstone, e la task force dell'FBI di San Diego guidata da Tony Layun si lancia all’inseguimento del SEAL James Reece ormai fuori controllo.

Reece va a San Francisco per cercare risposte su un farmaco che potrebbe aver dato inizio a tutto. Katie tenta di portare dalla sua parte Mike Tedesco nel tentativo di mandare all'aria i piani per la Nebellum. Tony e la sua squadra restano incollati a Horn, sperando di intercettare Reece prima che uccida il suo prossimo bersaglio.

Si inasprisce la caccia all'uomo dell'FBI che si avvicina sempre più a Reece. Senza medicine, i sintomi fisici e mentali di Reece peggiorano. Circondato dalle forze dell'ordine, Reece è determinato nella sua missione e deve fuggire dal fare vittime innocenti.

Reece ritorna a Coronado per farla pagare a chi l'ha tradito di più. Quando ritorna tra le mura della casa della sua famiglia, riemergono alcuni ricordi frammentati. Katie collabora con l'FBI per poter finire il suo articolo.

Si avvicina la resa dei conti nella tenuta di Orcas Island della segretaria alla difesa Hartley, mentre le strade e gli obiettivi di Reece, Katie, Ben e Tony si scontrano.