Laissant Bourg Palette derrière eux, Sacha, Pikachu, Ondine et Pierre reprennent la route et se dirigent vers leur prochain défi, la région de Johto. Bien qu'il ait encore une course à faire pour le Professeur Chen, Sacha se jette à corps perdu dans la Ligue Johto, affronte quelques Champions d'Arène, et ajoute les Pokémon Kaiminus et Germignon à son équipe.