Mulder retorna a Washington e, com a ajuda de Lone Gunmen, ele descobre arquivos secretos de uma operação do governo. Scully continua investigando a conspiração, que está ligada ao Homem Fumante e a um grupo sombrio conhecido como Sindicato. Um membro da tripulação de um navio de resgate é infectado com um óleo preto alienígena, vindo de um submarino da Segunda Guerra Mundial.
