Enquanto Hanna esconde Clara nas vastas florestas da Romênia, as outras cadetes são transferidas para um complexo educacional chamado The Meadows, onde recebem novas identidades. Marissa tenta encontrar Clara se passando pela mãe dela na internet, atraindo-a para um hotel em Bucareste, onde Clara é cercada e capturada pela Utrax. Hanna a segue, e se reúne a Marissa.

Marissa e Hanna voltam a Paris. Clara é apresentada ao grupo em The Meadows, mas sua rebeldia causa problemas, e Terri é encarregada de persuadi-la a voltar ao programa. Procurando por Clara, Hanna encontra a sede da farmacêutica por trás dos implantes médicos da Utrax, e participa de um teste clínico, onde descobre que a medicação em teste é destinada às cadetes em The Meadows.

Hanna volta à Passway e segue Dumont e a medicação que ele transporta, sabendo que ele vai guiá-la até The Meadows. Marissa descobre que Sonia está na Bélgica, e alcança Hanna bem a tempo, matando Sonia no processo. Hanna chega a The Meadows, pronta para salvar Clara, mas se espanta ao descobrir que o plano de Terri deu certo e que Clara parece ter se adaptado ao programa.

Marissa encontra Hanna em The Meadows, e mostra a ela que estão do mesmo lado organizando um plano de fuga para a mesma noite. Hanna convence Clara a fugir com elas, mas a comunidade familiar de The Meadows é boa demais para Clara, e ela trai Hanna, devolvendo o poder às mãos de Carmichael. Enquanto isso, o agente Mannion da CIA encontra The Meadows, mas não há sinal de Hanna nem de Marissa...

Marissa é presa em The Meadows, e Hanna é encdorajada a aceitar sua nova identidade como Mia Wolff. Mas para isso dar certo, Hanna precisa aceitar a perda do pai, Erik, e Terri a assiste nisso. Marissa escapa, e convence Hanna a ir com ela, mas Clara atrapalha. Clara atira em Marissa e diz a Carmichael que foi Hanna que atirou para impedir que Marissa a sequestrasse.

Hanna e Jules são enviadas em sua primeira missão - matar uma jornalista em Londres, que planeja se encontrar com um advogado militar que pretende revelar segredos da Utrax, enquanto Sandy e Clara vão para Barcelona para recuperar as provas. Hanna tenta recuar e se junta a Mannion para tentar salvar a vida de Nicola, mas Jules e Leo estão prevenidos. As consequências são desastrosas.

Hanna chega em Barcelona, com a intenção de salvar Gelder e persuadir Clara a sair da Utrax. Hanna revela a Clara o nome e o paradeiro da mãe dela, deixando-a abalada. Sandy ganha a confiança da filha de Gelder, Kat, e fica furiosa quando Clara desiste de matá-los. Ela mata Gelder, mas Hanna e Clara fogem com Kat. Marissa recebe a missão de encontrar Hanna de uma colega de Mannion, Grant.

Em seguida ao assassinato de Gelder, Carmichael chega a Barcelona. Hanna, Clara e Kat se escondem em uma mansão nas colinas. Hanna volta ao hotel e recupera a lista de Gelder, com a ajuda de Marissa, que segue Carmichael e o chantageia para que ele leve seus chefes na Utrax à justiça. Hanna auxilia a reunião de Clara com sua mãe antes de reencontrar Marissa para ajudar a destruir a Utrax.