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Após passar o primeiro ano do Ensino Médio sem fazerem nada, Haruka e Makoto se encontram com Nagisa, um estudante que havia sido membro do mesmo clube de natação que eles quando eles eram crianças. Ao descobrirem que o antigo clube de natação está sendo demolido, os três decidem voltar ao local para desenterrar uma cápsula do tempo que eles haviam enterrado, se reencontrando com Rin, o quar...

Makoto e Nagisa assistem apreensivos uma intensa corrida entre Haruka e Rin. Durante isso, eles percebem que Rin parece ter mudado. Enquanto isso, Nagisa começa a organizar um novo clube de natação junto com Gou, a irmã de Rin.

O Clube de Natação da Iwatobi precisa de mais um membro antes de poder participar de revezamentos. Nagisa se decidiu por Rei, um colega de classe que faz parte do clube de Atletismo. Apesar de Rei recusar a se juntar ao clube, Nagisa é persistente em tentar convencê-lo a se juntar ao clube de natação.

O clube de natação de Iwatobi finalmente alcança a quantidade necessária de membros. Assim que eles começam o treinamento, alguns problemas aparecem. Após um dos membros falar que seu traje de banho está afetando sua performance, o clube inteiro vai as comprar em busca de novos trajes de banho.

Haruka e os outros membros do clube de natação resolvem se concentrar para se preparar para o campeonato municipal. Cada membro segue o seu próprio plano de treinamento. Porém Rei não está satisfeito e volta ao oceano durante a noite para praticar.

Acontecem problemas na praia. Os quatro membros do clube de natação são obrigados a rever sua motivação para nadar. Após Rei perguntar sobre o comportamento estranho de Makoto durante o treinamento, Makoto conta a ele sobre seu passado.

Enquanto o Torneio Municipal se aproxima, Haruka e os outros membros do clube de natação continuam a se aperfeiçoar. Enquanto isso, Rin revela os seus motivos para nadar. Eles agora precisam mostrar os frutos dos seus treinos no campeonato.

Haruka, Makoto, Nagisa, e Rei nadam os seus eventos individuais. Rin fica irritado ao se lembrar deles nadando no ginásio. Logo após, os quatro membros do clube de natação de Iwatobi precisam se preparar para o revezamento medley.

O torneio de natação acabou e o pessoal do Clube de Natação da Iwatobi está satisfeito com seu progresso. Para relaxar, eles vão ao festival de verão local. Mas Rin também está no festival, então Nagisa manda Rei o seguir para ter certeza que ele e Haruka não se encontrem.

O treinador Sasabe começo a treinar o Clube de Natação da Iwatobi para o torneio que está vindo. Enquanto isso, Rei não está nada contente com o fato de que ele é o único que não sabe o que aconteceu com Rin no passado. Depois ver Rei expressando sua frustração, Haruka decide contar a ele o que aconteceu quando ele e Rin eram mais novos.

Depois de descobrir a verdade sobre o passado de seus amigo, Rei vai à Academia Samezuka perguntar a Rin o que ele quer. Na noite antes da Iwatobi e da Samezuka partirem para as regionais, Rin liga para Rei para explicar como ele se sente em relação à prova de revezamento. E então, Samezuka finalmente anuncia sua programação para o revezamento.

O Club de Natação da Iwatobi precisa vencer para ir para as nacionais. Com o torneio chegando, todos parecem cada vez nervosos. Enquanto isso, Rin fica mais e mais irritado. E é na hora da prova de revezamento que cada membro do grupo deve descobrir seu próprio caminho para a linha de chegada.