गॉथम में कई धमाकों का कहर गिरता है। बैटमैन ख़ुद को प्रभुत्वता के लिए विरोधी आपराधिक संगठनों के सरदारों, रूपर्ट थॉर्न और पेंग्विन की जंग के बीचोंबीच खड़ा पाता है। इस दौरान, कमिशनर गॉर्डन और उसकी बेटी बार्बरा गॉथम की भ्रष्ट आपराधिक न्याय प्रणाली में भीतर से सुधार लाने के तरीके ढूँढ़ते हैं।

जब एक ग्लैमरस फ़िल्म अदाकारा ग़ायब हो जाती है, तो बैटमैन और डिटेक्टिव मोंटोया ख़ुद को फिल्म के सेट पर प्रेत की तरह मंडराने वाले और बदले की आग में जलने वाले एक रहस्यमई शख़्स के गहरे जाल में उलझा हुआ पाते हैं।

उसे पैसों की तंगी में छोड़कर उसके करोड़पति पिता के जेल जाने के बाद, रोमांच की दीवानी मस्तमौला सेलिना काइल अपराध की दुनिया में चली जाती है, गुस्ताख़ कैटवुमन के भेस में, जो हर मोड़ पर कानून को चकमा देती है। बैटमैन उसकी आपराधिक गतिविधियों का अंत करने की योजना बनाता है, जहाँ दो पक्षत्यागी पुलिस अफ़सर यह सुनिश्चित करने की कोशिश करते हैं कि उसे अपनी नौ ज़िंदगियों की सज़ा एक ही बार में मिल जाए।

जब मेयर जेसप बैटमैन को पकड़ने के लिए एक टास्क फोर्स का गठन करता है, तो उसका भार डिटेक्टिव मोंटोया को सौंपा जाता है। डिटेक्टिव बुलक और फ़्लास बैटमैन को फँसाने के लिए इस मामले को अपने हाथों में लेते हैं, गॉथम को संकट की आग में झोंकते हुए।

कोई गॉथम के अमीर और रसूखदार आदमियों का अपहरण करके उनकी बुद्धि भ्रष्ट कर रहा है, और बैटमैन को पता लगाना होगा कि यह कौन कर रहा है और क्यों। जब बार्बरा गॉर्डन को शक होने लगता है कि उसकी एक सहेली इन अपहरण की घटनाओं में शामिल हो सकती है, तो उसकी तहकीकात उसे डार्क नाइट से टकराने पर मजबूर करती है।

गॉथम में लगातार हुई चोरियों के बाद, बैटमैन इस संभावना से जूझता है कि मुजरिम शायद मौत के उस पार से आया हुआ एक भूत है। इस दौरान, हार्वी डेंट के ज़मीर का इम्तिहान लिया जाता है जब उसके चुनाव अभियान के लिए एक बड़ी दान राशि बेहद जघन्य सूत्र से आती है।

कमिशनर गॉर्डन की जान पर एक असफल हमले के बाद, मोंटोया कसम खाती है कि वह गॉर्डन की हिफ़ाज़त करने की हर मुमकिन कोशिश करेगी। इस घटना के लिए ज़िम्मेदार मुजरिम की खोज बैटमैन को ऐसी कशमकश से रूबरू करवाती है जिसका केवल एक सीधा जवाब है: किसी पर भरोसा मत करो।

जब हार्वी डेंट के चुनाव अभियान के एक कार्यक्रम में बच्चे लापता होने लगते हैं, तो कार्यक्रम की मेज़बानी करने वाले एक स्थानीय मेले के अपराधशील रहस्य की जासूसी करते वक़्त बैटमैन एक ऐसा राज़ पता लगाता है जो और भी भयानक है।

हार्वी डेंट के साथ हुई दुर्घटना के बाद, दोनों ब्रूस वेन और बैटमैन को इस डीए को ग़लत इंसाफ़ की खोज में आगे बढ़ने से रोकना होगा।

इस सीज़न के अंतिम एपिसोड में, बार्बरा गॉर्डन और बैटमैन हार्वी डेंट को सुरक्षित रखने की कोशिश करते हैं, जब कोर्ट की सुनवाई में उसकी गवाही की वजह से गॉथम के नायकों और खलनायकों में एक भारी जंग छिड़ जाती है।