Megaton Musashi

Afin de trouver le lieu de l'atterrissage en catastrophe du vaisseau-mère des Draktors lors de la bataille contre l'Ixia, Arshem se rend à Solon, la ville du canyon. En même temps, des rumeurs se propagent à l'Académie Seikoku sur la personne qui contrôle le lycée. Yamato, Jun et Reiji enquêtent sur la véritable identité de cette personne suspecte dont ils n'ont aucun souvenir.

Dans les ruines du refuge d'Édésia, des machines extraterrestres qui tirent des boules de feu apparaissent. Cette attaque inhabituelle déstabilise grandement Yamato et ses amis. De son côté, Arshem travaille avec Victor. Elle crée des liens avec les Terriens infatigables qui vivent à la surface et refusent d'abandonner, même si la fièvre de l'Ocre rouge les rend malades.

Tandis que l'Ixia se prépare pour son deuxième saut, Masamune infiltre l'Œil de terre pour sa cause. Teru et Reiji sont les premiers à apprendre son plan et ils passent à l'action contre lui de manière agressive. Pendant ce temps, Jun se confie à Momoka à propos des changements de son corps.

L'Ixia change de trajectoire en raison d'une décision de Margaret. En même temps, Arshem retrouve Crouzade, sa mère qui a essayé de la tuer. Yugra et Miysis attaquent pour tenter de capturer Arshem. Yamato et les autres prennent position aux côtés de Victor.

Tandis que les habitants de la surface commencent à migrer, Grieffas donne l'ordre d'attaquer la colonie. Déterminé à ce qu'Arshem ne se retrouve pas au milieu des tirs, Yugra accélère ses recherches pour la trouver, mais il finit par faire face à Victor. Au milieu de tout ça, les Draktors lancent leur assaut et submergent la ville de flammes, ce qui sème le chaos chez les habitants...

Après avoir reçu l'ordre d'enquêter sur Yamato, Yugra et Miysis se faufilent à bord de l'Ixia. À peu près au même moment, les Manteaux bleus continuent à débattre pour savoir comment capturer le bastion draktor sur la Ligne Volt. Kota et le reste du personnel de l'Œil de terre présentent une stratégie qui sera cruciale pour leur victoire.

Arshem et ses compagnons arrivent au village construit par les soldats xidols qui sont restés à la surface de la Terre. Elle y apprend qu'ils s'aident les uns les autres en ne tenant pas compte de leur rang ou de la hiérarchie. Pendant ce temps, Reiji, préoccupé par une Jun inquiète, se rend dans un lieu spécial.

Avec la campagne du bastion qui se profile, tous les pilotes et les membres d'équipage de l'Ixia se préparent à leur façon. Au milieu de tout ça, Yugra et Miysis découvrent l'existence de Mirai. Pressentant le danger, Teru sort Mirai du laboratoire...

La campagne contre le bastion draktor est imminente et l'Ixia lance une offensive totale. Le combat va et vient en faveur de Yamato et son équipe, grâce à leurs stratégies et leurs esprits aiguisés. Mais ils vont vite être surpris par les plans des Draktors.

Au milieu d'une clameur d'avis, Arshem et Margaret proposent une nouvelle voie pour la Terre et Xidol. Un festival a lieu à Togomon pour que les deux peuples approfondissent leurs relations. Arshem et Yamato se retrouvent pour la première fois depuis longtemps et passent du temps ensemble. C'est alors que...

L'Ixia arrive à sa destination et tout le monde est mené à l'intérieur, où se trouve une base immense construite à l'aide de toutes les technologies terriennes. Pendant ce temps, le commandant Dixenberg demande à Margaret de le suivre ailleurs.

Dixenberg s'envole dans l'espace avec Margaret pour atteindre son but. Appelé sur le pont du vaisseau par le professeur Haruma et son assistant, le personnel de l'Œil de terre lance le cuirassé à leur poursuite.

Au milieu d'une bataille féroce dans l'espace, Yamato et ses compagnons bravent le danger en attaquant l'ennemi afin de stopper son avancée. Tandis que le MusashiX affronte le Yoshitsune qui bloque sa route, Grieffas fait face à Veloa à Xidolgor.

Le MusashiX se dirige vers sa destination une fois que ses alliés lui ont ouvert la voie, mais l'attaque violente du Yoshitsune les arrête. Avec une aide inattendue, Yamato et ses amis repoussent leurs poursuivants et avancent. La bataille pour le sort de la planète est sur le point de basculer...

Après la bataille décisive dans l'espace, de nouveaux plans sont mis en œuvre à la surface de la Terre. Au milieu de tout ça, la menace des El Zeid, qui ont détruit Xidol, approche. De nouvelles forces s'éveillent dans le cosmos pour contrer la puissance écrasante des El Zeid.