Une école a été créer pour la future élite des duellistes. Les élèves sont divisés en 3 rangs : les meilleurs de l'école, ceux qui ont bien réussi leur examen et ceux qui sont menacés d'être expulsés. Judai Yuki est l'un d'eux. Il est très doué en duel mais il a aussi le don d'énerver ses professeurs. Son ambition, c'est d'arriver à égaler son modèle Yugi Mutô.
