Código Lyoko

Jeremie se ha esforzado en encontrar nuevas y mejores maneras para luchar contra Xana. Él desarrolla vehículos nuevos para el grupo y crea un nuevo programa de escáner que detecta inmediatamente torres activadas, permitiendo que Aelita viva en la tierra.

Ya que Aelita puede vivir en la tierra, gracias a varios intentos de Jeremie, ella trata de acostumbrarse al nuevo mundo lleno de sorpresas; pero a sí mismo Yumi y los demás siguen con su vida como si Aelita nunca se hubiera materializado y la dejan a un lado, por lo cual ella se siente abandonada y decide volver a Lyoko virtualizandose a sí misma.

Tras el descubrimiento del sector 5, el grupo decide explorar. Yumi se ve obligada a optar por no continuar después de sus viajes nocturnos a Lyoko que han llamado la atención de sus padres.

Después de tomar otro viaje al sector 5 y de regresar a la escuela, Aelita y Jeremie conversan acerca de su no ser humano, sin saber que Sissi graba su conversación. Aparte de eso, los datos que había recuperado del sector 5 eran datos trampa y Xana se hace cargo del superordenador y empieza a activar vueltas al pasado una y otra vez.

Como los sueños de Aelita y las alucinaciones se vuelven demasiado perturbadores para ignorar, el grupo va a la Ermita para descubrir su origen. Allí, Aelita encuentra una muñeca que inexplicablemente la reconoce como Mister Pück. Oculto en esta muñeca está el número de un armario de una estación de tren, que contiene en gran parte cifrado el diario de Franz Hopper.

Es el día de San Valentín y el amor está en el aire. Un hombre poseído por Xana deja un collar en la puerta de la habitación de Aelita, y Aelita está convencida de que se trataba de Jeremie, pero Jeremie no fue. Termina por sospechar de Odd, que evita la cuestión y Jeremie se enfada con él. Esto sitúa a los dos en contra.

La escuela tiene un concierto en el gimnasio para el concurso DJ. A William accidentalmente se le descompone el mezclador, y le pide ayuda a Jeremie. Jeremie está ocupado, por lo que Aelita ofrece su ayuda. Como lo arregla, William considera que ella debe hacer de DJ.

Durante una misión al sector del bosque, Yumi es atacada por el Scyphozoa. Le roba su código genético digital, lo que significa que si pierde los puntos se desvirtualizará para siempre. Para empeorar las cosas, harán la foto del día en su clase. Tras un breve debate, Ulrich decide que Sissi se haga pasar por Yumi en la foto. Sissi está de acuerdo y no pide nada a cambio.

Ulrich se entera que Yumi podría tener que volver a Japón porque su padre perdió su puesto de trabajo, y él no puede aceptar la pérdida de ella. Después de un equivocado intento de escribir una carta al presidente, escucha los números de la lotería en la radio y le da una idea. Vuelve al pasado, y obtiene un boleto con los números ganadores y se lo da a los padres de Yumi.

Después de descifrar una parte del diario de Franz Hopper, Jeremie tiene una idea para hacer un monstruo que lucha del lado del bien: la Marabunta. Mediante la combinación de técnicas que hace que la Marabunta, que es una esfera que se puede reproducir infinitamente y devorar cualquier monstruo que se acerque.

El uranio del superordenador empieza a fallar. No sólo amenaza a Xana, sino también a Aelita, cuyo corazón deja de latir con cada cierre.

Después de un ataque de Xana, Jeremie insiste en hacer una vuelta al pasado, con independencia de que Xana ni siquiera cause algún daño.

Ulrich intenta decirle a Yumi como se siente realmente, y la encuentra hablando con William, como se había pensado. Yumi rechaza a William, pero Ulrich se va antes de que eso ocurra.

Xana posee a Kiwi para que muerda a alguien y así infectarle con un virus que le convertirá en zombi. Para empeorar las cosas, Aelita y Jeremie están atrapados en la cafetería por lo tanto no tienen acceso a la fábrica y Odd es infectado por Kiwi.

Xana posee al director y secuestra a Odd y Yumi, y le da un ultimátum a Jeremie: entregar a Aelita al Scyphozoa o el sacrificio de sus amigos.

Código Lyoko - Episodio 16

Xana se transforma en un clon de Jeremy y besa a la actual novia de Odd, este se enfada con el al igual que Aelita que se ha sentido traicionada. Después se convierte en un clon de Yumi y besa a Mathias Burel haciendo que Ulrich se enfade con ella. Más tarde se transforma en un clon de Ulrich y besa a Sissi mientras Yumi lo ve todo y después se transforma en Aelita y besa a Nicolas.

Código Lyoko - Episodio 18

Un famoso reportero llamado Vincent Thomas visita la escuela para hacer un reportaje sobre el rendimiento de las escuelas de hoy. Mientras tanto, Xana comienza a mostrar alguna extraña conducta, la de activar las torres y, a continuación, antes de que el grupo puede llegar a ellas, desactivarlas. Confundidos, Aelita y Jeremy van a la fábrica para investigar, mientras que los otros se van.

La visiones de Aelita se convierten en un problema una vez más, pero no la misma visión como antes. Esta vez, ella tiene visiones de ella y Franz Hopper siendo perseguidos por agentes del Gobierno. Acaba teniendo visiones incluso cuando está despierta, provocando que pierda la conciencia mientras que está en la piscina y cae al agua.

Durante la clase de física, Xana posee a la enfermera de la escuela, Yolanda, y secuestra a Aelita. El resto del grupo va a la fábrica, pero no hay manera de recuperar a Aelita de la mucho más poderosa enfermera. Como no tienen otra opción, Jeremy decide probar un experimento que dará a una persona las mismas facultades que posee Xana. Para hacer esto, tiene que activar una torre como Xana.

Después de leer acerca de un hombre muerto llamado Lion Corbe, que murió durante la construcción de Kadic, Sissi intenta comunicarse con él. Durante la comunicación, uno de los fantasmas de Xana aparece en forma del fantasma de Lion. En primer lugar, parece dócil, pero pronto se enfada y los ataca. Ulrich habla con Sissi mientras Odd se lo va a decir a Jeremy.

Cuando van a la fábrica se encuentran a Franz Hopper. Él les da más energía en Lyoko. Pero Jeremy descubre que en realidad es Xana, y les quitan las armas a los guerreros de Lyoko, y no pueden desvirtualizarse, y virtualiza a Aelita sola en el sector del desierto para que la Scyphozoa le robe toda la memoria.

Durante un cortometraje realizado por Odd y protagonizado por Sissi, ella parece ser poseída por un fantasma. Ella no actúa como se esperaba, comienza a hablar en alguna extraña lengua, centrándose en Jeremy, y es llevada a la enfermería como consecuencia de ello. Más tarde, ella camina a la habitación de Jeremy y escribe algo de código en un papel.

Está llegando al final del año y la investigación de Jeremy le ha llevado a un callejón sin salida. Después de que el grupo recoge algunos datos del sector 5, tiene previsto activar una torre para descifrar el diario de Franz Hopper. Antes de la misión, Odd recibe un mensaje de una niña de misterio.