Hanna återvänder till Meadows med sin täckmantel som en lojal Utrax-lärling intakt tack vare John Carmichael, som leder lärlingsprogrammet men har tvingats till att hjälpa Marissa. När lärlingarna förbereder sina första uppdrag kontaktar Marissa en CIA-analytiker i Wien som finns på mållistan för att få information. I Paris träffar Hanna sitt mål Abbas, en karismatisk ung aktivist.

Oförmögen att glömma Abbas, bryter Hanna mot reglerna och åker till hans gömställe. Marissas värld krossas när hon känner igen Ordföranden från Hannas foto. När Hanna och Marissa planerar att sabotera nästa mord, väcker ett litet misstag misstänksamhet. Hanna avlyssnar Utrax-agenten som skickas för att undersöka dem, men då misstankarna väcks mot Carmichael hamnar Hanna och Marissa i skottelden.

Hanna och Marissa rör sig snabbt nu när de har blivit avslöjade. De planerar att åka till Wien, där de tror att Pionjärerna har sitt högkvarter, men Hanna letar först efter Abbas. Marissa fortsätter till Wien. Båda är omedvetna om att de är på väg in i en fälla.

Hanna och Marissa bryter sig in på Pionjärernas högkvarter och upptäcker den skrämmande sanningen bakom mordlistan och hur den har skapats. Väl inne i högkvarteret konfronterar Marissa Evans (Ordföranden), och lämnar Hanna att fly med bevisen för att störta programmet.

Hanna och Marissa har nästan förlorat. Hanna hålls fången av Evans medan bevisen Marissa har för att ta ner programmet visar sig vara krypterade och oanvändbara. När Hanna försöker fly hittar hon vad som kan vara nyckeln till att få ner Pionjärerna, men Evans brutala förhörsmetoder kan knäcka Hanna innan hon kan använda informationen.

Hanna och Marissa återvänder till Pionjärernas högkvarter som fångar, men med uppdraget att låsa upp bevisen de behöver för att lyckas avslöja programmet. När de inser att Abbas och hans dotter är i fara skyndar de för att rädda dem. I skogarna utanför Wien måste Hanna rädda Abbas medan Marissa konfronterar Evans en sista gång.