Yugi und seine Freunde stehen inzwischen kurz vor dem Abschluss der High School. Sie schmieden Pläne, was sie mit ihrem Leben anfangen wollen. Seto Kaiba sucht inzwischen unermüdlich nach dem verschollen geglaubten Milleniumspuzzle, um den Pharao zurück in Yugis Körper zu holen und ihn endlich in einem Duell besiegen zu können. Und er findet das Puzzle tatsächlich!
