The Fruit of Grisaia

Un ragazzo cammina per 175km e si trasferisce a Mishima Cappe portando con sé solo uno zaino: Yuuji Kazami.Il desiderio di quest'uomo così lontano dalla mondanità è: "Voglio frequentare una scuola ordinaria e vivere da normale studente".

All'inizio Makina ha paura di Yuuji e si nasconde alle spalle di Amane, ma pian piano si apre e inizia ad affezionarsi al ragazzo. Mentre tutte le compagne di classe stringono amicizia con Yuuji, una sola resta in guardia contro di lui: Yumiko Sakaki.

Un giorno, mentre si sta divertendo con le compagne di classe, Amane si stira il muscolo durante educazione fisica. L'Istituto Mihama non ha un'infermiera in loco, così Yuuji, che ha imparato le basi del pronto soccorso durante i suoi studi precedenti, si occupa della sua ferita. Mentre la cura, Amane confessa i suoi sentimenti e gli chiede di essere il suo ragazzo. Avviene così all'improvvis...

Durante la sua corsa mattutina di routine, Yuuji nota Michiru che cammina lungo il sentiero per il belvedere che si affaccia sul mare. Si incuriosisce e la segue. Là, Michiru mostra un lato apatico di sé, completamente privo della sua solita energia, e chiede "Cosa accade alle persone quando muoiono?"

Michiru cerca di scappare dalla realtà dopo aver perso Miciomel e fa qualcosa di impulsivo. Yuuji la trova in fretta e, grazie al suo intervento, la ragazza sopravvive senza danni. Il giorno dopo, Michiru è felice, come se quanto accaduto il giorno prima non fosse mai successo. È la stessa tsundere idiota di sempre...

Michiaki Sakaki, presidente dell'Istituto Mihama, utilizza la sua influenza per chiedere il supporto di JB: non accetta che l'Istituto creato appositamente per mettere in riga Yumiko, che dovrebbe essere il suo successore come capo della famiglia Sakaki, non stia raggiungendo l'obiettivo. Quindi, decide di usufruire della forza della "società" di JB per farlo.

Sachi, la compagna di classe vestita da cameriera che esaudisce ogni desiderio. Tuttavia, per raggiungere quell'obiettivo, utilizzerà qualsiasi mezzo. Tutti all'Istituto conoscono quella pericolosa abitudine di Sachi e cercano di chiedere cose semplici quando parlano con lei. Un giorno, con l'estate che si avvicina, Michiru incautamente chiede a Sachi di far sparire l'esame mentre si preparan...

Yuuji annuncia all'improvviso che sarebbe diventato il padre di Makina. Tutti restano confusi alla notizia e li guardano in maniera scettica, ma i due si comportano precisamente come padre e figlia. Yuuji diventa un padre piuttosto spartano in fin dei conti. Cerca di fornire a Makina tutte le conoscenze che possiede, dalle tecniche di combattimento corpo a corpo alla capacità di tiro.

JB richiama urgentemente Yuuji alla base; il ragazzo trova un ordine di omicidio per Makina Irisu che lo aspetta. Makina è la figlia maggiore e conosce tutti i suoi oscuri segreti della famiglia Irisu, che controlla il Paese agendo dietro le quinte.

Amane ha dimostrato un debole non corrisposto per Yuuji, che ha incontrato per la prima volta dal giorno in cui si è trasferito. Yuuji si ritrova a chiedersi se non c'è un motivo più significativo per cui lei mostra una cura costante nei suoi confronti invece di essere "amore a prima vista", anche se si conoscono da poco.

Gli associati del club di basket della Takizono che sono sopravvissuti a stento alla caduta del bus non riescono a chiedere aiuto. Sono stati abbandonati in quello che sembra l'Inferno in Terra. Nel mezzo della disperazione per la morte sfiorata, Amane incontra una ragazza di nome "Kazuki Kazami".

Sono passati diversi giorni dalla caduta nell'abisso. Le ragazze esauriscono il cibo a disposizione e non ha più forza sufficiente per credere che verranno salvate. Lentamente ma inesorabilmente, iniziano a spezzarsi.

Su incoraggiamento di Yuuji, lui ed Amane decidono di andare ad affrontare insieme il proprio passato. Tuttavia, Yuuji ha un dubbio sulla storia di Amane: Kazuki è morta davvero? Yuuji si dirige sul luogo dell'incidente sulla scia di Amane, alla ricerca di risposte.