Es el período Edo. Hija de un dojo de artes marciales, Rin se embarca en un viaje para vengarse de sus padres asesinados. Como guardaespaldas en el viaje, ha elegido al inmortal Manji, apodado el Cazador de Cientos. Su objetivo es la cabeza del Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu, el hombre al que odia. La aventura del hombre que nunca muere y de la chica que ha jurado vivir por venganza se desarrolla.

Rin anuncia que se encontrará con el amigo de su padre, Souri, el pintor, en su viaje de venganza. Souri no puede echarle una mano, pero le da fondos. Rin, ahora con una cartera llena y sin pistas, encuentra la espada de su padre en la herrería de la que supuestamente fue robada. Sin embargo, su portador es un espadachín de los Ittou-ryu, 'Taito Magatsu'.

Una prostituta se acerca a Manji mientras espera a Rin. Aunque Manji nota la artimaña de la prostituta, acepta su invitación. Pero esta mujer, 'Makie Otonotachibana' parece demasiado débil para ser una guerrera de los Ittou-ryu, como ella dice. Después de salvar la vida de Makie, aparece ante Manji de nuevo con ojos y cabello diferentes.

Queriendo hacerse más fuerte, Rin recibe entrenamiento de Manji, pero aún está muy lejos de igualarle en habilidad, mucho menos en el Ittou-ryu. Rin, en su melancolía, se siente atraída por un sonido y encuentra a un hombre entrenando solo. Algún día seré como él', se dice Rin, y luego se asombra al ver la cara del hombre. Es su archienemigo, la cabeza del Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu.

Tras ver a Kagehisa, Rin se acobarda. Perdida en sus pensamientos sobre sus circunstancias, Rin y su guardia Manji son abordados por un monje budista. El monje es 'Eiku Shizuma' del Ittou-ryu. Este pelea con Manji, pero es rápidamente eliminado. Sin embargo, a pesar del golpe letal, Shizuma se levanta, su herida se está curando por completo. Shizuma posee un cuerpo "inmortal", igual que Manji.

Rin, que ha venido a ver el festival, conoce a un niño descarado, Renzou. En la tienda de máscaras, las cosas se ponen peligrosas entre Manji y Araya, hasta que aparece el hijo de Araya, Renzou, y la hostilidad se disuelve. Araya y Renzou se marchan. Después de ver a Manji desde atrás, por alguna razón Rin sigue mirando a Araya con los ojos llenos de asombro y odio.

Comienzan las discusiones sobre la tarea de nombrar al instructor de la escuela de Ittou-ryu, asignado por el shogunato. Harán que la espada de Ittou-ryu sea conocida en el mundo. Taito Magatsu promete hacerlo una realidad, pero decide irse del lado de Kagehisa Anotsu. Al mismo tiempo, los líderes de Ittou-ryu comienzan a ser blanco de ataques. La punta de esa espada también apunta a Magatsu.

Manji y Rin involucran a los cuatro conocidos como Mugai-ryu, que tienen información sobre Kagehisa, para asesinarlo. Acechantes en la carretera que sale de Edo, y con información que sólo Rin conoce, ella y Shira se acercan a Kagehisa mientras él intenta huir de los demás.

Giichi le contó a Rin el paradero de Kagehisa, y ahora ella y Manji son sospechosos de asesinato indiscriminado. Los sospechosos no pueden pasar el puesto de control, pero gracias a una sirvienta que conocía a Rin, tiene una táctica. Rin se dirige sola a una aldea que puede ayudarla a atravesar el puesto de control.

Manji quiere ir tras Rin, pero no tiene pase. Ahí es cuando Souri y Magatsu aparecen ante él. Souri le dice a Manji que puede conseguir tantos pases como quiera, pero con una condición. Mientras tanto, un Shira canoso y manco aparece ante Hyakurin y Shinriji mientras reelaboran su plan para asesinar a Kagehisa.

Tras volverse compañeros de viaje para lograr de sus objetivos, Manji y Magatsu son atacados por un grupo de hombres calvos. Mientras gime de dolor, Manji, lo ataca por detrás por Shira, quien le corta el brazo. Shira había reconstruido su cuerpo, y deseaba una revancha con Manji. Pero ahora Magatsu, cuya mujer importante fue asesinada por Shira, se interpone en el camino de Shira.

Tras partir hacia Kaga en busca de Kagehisa, el mismo Kagehisa rescata a un Rin colapsado. Entonces, viéndose comprometido a cooperar con Kagehisa, que es perseguido por los Shingoto-ryu, Rin comienza a ver a Kagehisa, su enemigo, como un ser humano.

Los Ittou-ryu hicieron que sus miembros fueran masacrados por el shogunato. Kagehisa reúne en secreto a los demás miembros de Ittou-ryu, y conspira para vengarse del shogunato. Manji es invitado al Mugai-ryu por Giichi, pero se niega, y chocan espadas. El arma de Giichi se rompe, así que se pide una tregua. Maji decide ir a encontrarse con el jefe del Mugai-ryu, Habaki.

El plan de Habaki hace que Manji quede atrapado en una mazmorra. Habaki utiliza a un médico, Burando Ayame, para tratar de resolver el misterio de la inmortalidad. Por el avance de la medicina, Burando hunde un bisturí en el cuerpo de Manji. Mientras espera el regreso de Manji, Rin se ve envuelta en una extraña cohabitación con Doua e Isaku, que buscaban un lugar donde quedarse.

Burando consigue trasplantar el brazo izquierdo de Manji al cuerpo de prueba de Dewanosuke. A partir de ahí más pruebas tienen éxito, pero Habaki presiona a Burando y exige resultados. La espada de Habaki se acerca al imperfectamente inmortalizado Dewanosuke. Rin se encuentra con Doua e Isaku en la calle mientras busca a Manji. Ahí es cuando el oficial que Doua derribó se les acerca.

Desde el incidente de Dewanosuke, Burando sigue cometiendo errores. Finalmente, Habaki lo pone en aislamiento y se vuelve loco. Como resultado de su locura, Burando capta algo importante sobre los experimentos de la inmortalidad: que los humanos son esencialmente nutrias. Mientras tanto, Rin y Doua deciden infiltrarse en el castillo de Edo para rescatar a Manji e Isaku, quienes están rodeados.

Manji y Rin finalmente se reúnen. Pero el formidable enemigo que es Habaki en el calabozo bloquea su escape. Entonces, Doua y el presuntamente muerto Isaku llegan como refuerzos. El calabozo empieza a derrumbarse. A medida que se acerca su fuga, una persona inesperada aparece ante Rin y Manji. Es la respuesta a la que llegó Burando a partir de los resultados de sus experimentos....

Tras su fracaso en el castillo de Edo, Habaki es despedido como primer secretario. Pero aun así, para aniquilar a Ittou-ryu, dirige el Rokki-dan con la esperanza de subyugarlo. Pero, el nuevo empleado principal, Ugen, decide que Ittou-ryu, después de haber dejado Edo, está libre de sospecha. Además, para asegurar que cumpla con el acuerdo, la esposa y los hijos de Habaki son tomados como rehenes.

Los Ittou-ryu son perseguidos por los Rokki-dan, liderados por Habaki. Al oír esto, Rin y Manji deciden seguir adelante. Incluso con toda esta gente dejando Edo para perseguir a los Ittou-ryu, los cuatro líderes nombrados por Kagehisa Anotsu no aparecen. Luego, a altas horas de la madrugada, Kagehisa y los otros tres se detienen en el Ootemon frente al castillo de Edo.

Rin y Manji persiguen a Kagehisa, pero Shira los ataca y se llevan a Rin. Manji va a rescatarla y conoce no sólo a Shira, sino también a Renzou. Manji lucha contra Shira para rescatar a Rin. Pero, sorprendentemente, lo que golpea a Manji es el brazo izquierdo de Shira, que debería haberse perdido.

Manji sale herido de su duelo con Shira. Renzou toma una espada y trata de matar a Manji, pero Rin y los demás lo calman. Mientras, Habaki está furioso al enterarse del ataque al castillo de Edo. Pese a la falta de liderazgo, sigue persiguiendo a los Ittou-ryu. Como resultado, uno de los Ittou-ryu entra en una aldea montañesa. La hija de Habaki, Ryou, trata de someterlo para que sirva a su padre.

Arashino, Hasshuu y Murasaki del Rokki-dan actúan como vanguardia en el choque con el Ittou-ryu. El esencial Abayama logra escapar con la ayuda de sus seguidores. Pero luego tiene que enfrentarse a Giichi y Hyakurin, quienes persiguieron a Abayama para ayudar a Habaki.

Los Ittou-ryu, Rokki-dan, y Manji y Rin se reúnen en Nakaminato, como si fueran guiados hasta allí. Todos ellos llevan sus motivos en sus espadas al momento en que comienzan su último combate a muerte. Engañar, someter y bailar en el caos. Las chispas volarán en la batalla decisiva entre los más fuertes. La última risa pertenece a....

Las vidas de los reunidos se esfuman una tras otra. Los que quedan son golpeados y magullados. Sin embargo, aun así, toman sus espadas y estampan sus convicciones unos contra otros. El último queda en pie... Y la venganza se cumplió... Ahora, se cierra el telón de la historia del hombre con vida eterna, y de aquellas personas cuyas vidas finitas fueron un resplandor de pasión.